1.《中华人民共和国仲裁法》的相关规定

《中华人民共和国仲裁法》第2条规定，“平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。” 第3条规定了不能仲裁的纠纷类型，“下列纠纷不能仲裁：（一）婚姻、收养、监护、扶养、继承纠纷；（二）依法应当由行政机关处理的行政争议。” 知识产权纠纷主要可以分为知识产权合同纠纷、知识产权侵权纠纷、知识产权有效性纠纷三大类。根据《仲裁法》第2条规定，知识产权合同纠纷是可以仲裁的。第3条关于不可仲裁的纠纷类型并未明确将知识产权侵权纠纷和有效性纠纷排除在外，为知识产权侵权纠纷和有效性纠纷适用仲裁提供了讨论和解释的可能性。

2.知识产权实体法中的相关规定

《中华人民共和国著作权法》第60条第1款规定，“著作权纠纷可以调解，也可以根据当事人达成的书面仲裁协议或者著作权合同中的仲裁条款，向仲裁机构申请仲裁。当事人没有书面仲裁协议，也没有在著作权合同中订立仲裁条款的，可以直接向人民法院起诉。” 该条款明确规定，发生著作权纠纷时可以申请仲裁。由于作者在完成作品时自动取得著作权，所以不存在著作权有效性纠纷。因此，著作权纠纷所包括的著作权合同纠纷和著作权侵权纠纷均可以提交仲裁。

《中华人民共和国专利法》第45条规定，“自国务院专利行政部门公告授予专利权之日起，任何单位或者个人认为该专利权的授予不符合本法有关规定的，可以请求国务院专利行政部门宣告该专利权无效。” 根据该条款规定，专利有效性问题必须由行政部门来解决。且该条款表述并未使用任何概括性表达，这就使得此条没有进行其他解释的可能性。《中华人民共和国专利法》第65条规定，“未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。” 根据该条款规定，对于专利侵权纠纷，当事人可以选择起诉，也可以选择申请行政机关处理，而对于是否可以申请仲裁没有明确规定，仍存在探讨的余地。综上所述，在专利纠纷中，专利合同纠纷可以申请仲裁，专利有效性纠纷不能申请仲裁，专利侵权纠纷则仍存在法律规定不明确的问题。

《中华人民共和国商标法》第45条第1款规定，“已经注册的商标，违反本法第十三条第二款和第三款、第十五条、第十六条第一款、第三十条、第三十一条、第三十二条规定的，自商标注册之日起五年内，在先权利人或者利害关系人可以请求商标评审委员会宣告该注册商标无效。对恶意注册的，驰名商标所有人不受五年的时间限制。” 因此，商标有效性纠纷必须由行政机关处理，仲裁机关无权受理。《中华人民共和国商标法》第60条第1款规定，“有本法第五十七条所列侵犯注册商标专用权行为之一，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求工商行政管理部门处理。” 因此，在商标侵权纠纷中，同专利侵权纠纷一样，对于当事人是否可以申请仲裁没有明确规定。综上所述，在商标纠纷中，商标合同纠纷可以申请仲裁，商标有效性纠纷不能申请仲裁，商标侵权纠纷则仍存在法律规定的空白。